在日本丢失护照后，可以按照以下步骤进行补办：
报案并获取证明
第一时间前往附近的警察署或交番（警察亭）报案，说明护照丢失的情况，并获取警察出具的证明书（如遗失届出证明书等）。
准备必要材料
警察署出具的【受理番号】。
登录原票记载事项证明书（由所在地区役所或市役所出具，3个月内有效）。
在留卡的复印件（如果有的话）。
近期正面免冠彩色半身护照照片2张（光面相纸，尺寸为30毫米x40毫米）。
详细写明丢失经过的书面报告，内容包括原护照的发照单位、时间、护照号码及出入境等情况。
填写《中华人民共和国护照/旅行证/海员证/回国证明申请表》。
前往中国驻日领事馆申请补办
携带上述材料前往中国驻日本大使馆或领事馆，申请挂失和补发新护照。
自申请之日起，三个月之后可到大使馆或领事馆询问有关办理情况和进度。
如果被批准补发护照，在接到使馆通知后，请持领证单按指定的时间到大使馆或领事馆领取护照。
补办在留卡（如有需要）：
报案并获取证明：第一时间前往居住地或丢失地附近的警察署或派出所办理遗失登记或失窃登记，并获取相关证明书。
准备必要材料：
护照（如果已补办完成，则提供新护照）。
遗失登录证的书面报告，或者公安部门出具的遗失登记或失窃登记书面报告。
近期免冠正面上半身照片2张（光面相纸，尺寸为30毫米x40毫米）。
填写好的在留ｶｰド再交付申請書（可从入管局网站下载并打印，或现场填写）。
前往入管局申请补办：携带上述材料前往入国管理局，填写在留卡再交付申请书，等待审核并领取新的在留卡。
建议：
尽快报案并获取警察出具的证明书，这是补办护照和在留卡的第一步。
准备好所有必要的文件，并按照要求填写相关申请表。
提前预约并前往中国驻日领事馆或入国管理局办理补办手续，以确保流程顺利进行。
如果在补办期间需要使用护照，可以考虑申办旅行证作为临时替代。
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