鞋盒不见了的可能原因有以下几点：
海关扣减：
国外发货时，某些海关可能会克扣鞋盒，导致收到的商品是无盒的。
二手鞋：
很多二手鞋因为原主可能没那么上心，将鞋盒扔掉或遗失，若其一开始买的是正品，那么这个鞋就是无盒裸鞋正品。
国内生产：
国内某些厂会生产无盒假鞋，失去鞋盒后，真假更难以分辨。
量大拿货：
有些情况下，由于订单量大，拿货出来不方便或是因为订单剩下的尾单，导致鞋盒不完整。
折扣店：
很多折扣店为防止二次销售，会人为切掉盒盖，因此无盖的盒子都是折扣店的货。
代购因素：
代购的鞋子不是没有鞋盒，而是没有携带鞋盒入境，因为鞋盒不是自用物品，要重新保税。
体积和重量：
纸盒虽然不重，但占地方且容易损坏，专业代购有时也会拆封以节省空间。
人为因素：
有些情况下，鞋盒可能因为家里老人以为没有用处而被误扔。
综上所述，鞋盒不见了的可能原因多种多样，包括海关扣减、二手交易、国内生产、拿货方式、折扣店处理、代购规定、体积和重量限制以及人为疏忽等。在购买和鉴定鞋子时，应当注意这些因素，以确保能够准确判断鞋子的真实情况。
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